Kafeslerin kullanımı için temizlemeye de dikkat etmek gerekir, çünkü uzun süre sonra temizliğe dikkat etmezseniz, balık ve karides yetiştiriciliğini etkileyecektir.
Kafes temizleme yönteminde bir tanesi manuel temizleme yöntemidir. Bu yöntem yaygın olarak sporadik kafesler için kullanılır. Ağ her 5 günde bir kaldırılır ve süpürge, dallar, fırçalar vs. temizlenir ve dövülür. . Daha sonra güneşe maruz kalma metodu, ağ gövdesi yarıya kadar su yüzeyine maruz kalır, güneşin parlamasına izin verir ve filamentli algler ve kafese bağlı diğer organizmalar güneş ışığına maruz kalır, kutunun diğer yarısına dönüştürülür veya kafesi ile daha fazla ek Güneşte, güneşe maruz kal, ölü yaratıklara bağlan ve tokatla. Sonra mekanik temizleme yöntemi var. Geniş bir alanda çalışırken, kafes kirlenmesini önlemek için kafes yükseltilir ve yüksek basınçlı su tabancasıyla yıkanır.
Ayrıca biyolojik bir temizleme yöntemi de vardır. Kutudaki balıklar kalamar, tilapia ve akrep gibi alglerle karıştırılır. Bu yöntem sadece işçilikten tasarruf etmekle kalmaz, aynı zamanda para tasarrufu sağlar, ancak birim alandaki balık üretimini artırır.